Wynaleziono lekarstwo odwracające proces mutowania. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów; Charlesa Xaviera (Patrick Stewart), który naucza tolerancji i Erika Lehnsherra "Magneto" (Ian McKellen), który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie; dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.
