Akcja rozgrywa się w roku 2029, w świecie, w którym komputery są wszechobecne. Wraz z ich ekspansją zmieniła się definicja przestępstwa. Teraz najgorszą zbrodnią jest włamywanie się do sieci. Aby temu zapobiec, powołano specjalny oddział Sekcja 9, składający się z cyborgów mających dostęp do sieci z każdego miejsca na Ziemi. "Ghost in the Shell" opowiada o poszukiwaniach przez parę agentów groźnego hakera ukrywającego się pod pseudonimem "Władca marionetek".
